El Real Colegio Alfonso XII fue fundado en 1875 por iniciativa del rey que le da nombre. El monarca se declara católico y liberal y desea que el Colegio mantenga ese mismo espíritu, alejado de los movimientos extremistas de la época: integrismo y anarquismo. Con la llegada de los agustinos en 1885 el Colegio adquiere otras líneas complementarias, inspiradas en la enseñanza de San Agustín: la interioridad y la disposición para la apertura y colaboración con las necesidades del mundo que nos rodea.

Desde sus orígenes, el Colegio se dedica a las enseñanzas medias y ofrece la posibilidad de cursar los estudios en régimen de internado. En la actualidad, también se cursa la enseñanza infantil y primaria, aunque éstas sólo en régimen de externado.

Para los alumnos del Colegio es determinante asimismo su ubicación dentro del mismo edificio del Monasterio, del que ocupa la mitad anterior del ala izquierda. Las proporciones monumentales, la armonía ambiental, la historia encerrada entre sus piedras, marcan positivamente la vida de estudiantes y profesores.

En sus más de cien años de historia, el Colegio ha pasado algunos momentos muy difíciles.

En 1933 se prohibe la enseñanza a los religiosos, con lo que se traslada a Madrid bajo el nombre de "Calderón de la Barca".

En 1939 vuelve a El Escorial, pero las instalaciones habían quedado muy deterioradas y por ello, los estudiantes tuvieron que compartir aulas y dormitorios en los locales del Real Colegio Universitario de María Cristina.

El Colegio ha gozado también de excepcionales dotaciones para las ciencias experimentales. Fue deseo del propio Alfonso XII que las instalaciones gozaran de los medios más avanzados y se trajeron instrumentos y aparatos desde Londres, París, Berlín o Viena. Hoy, siguen destacando sus laboratorios, en especial el Gabinete de Ciencias Naturales, que cuenta con importantes colecciones de animales, minerales y plantas.